法人の不動産売却でかかる税金は?計算方法と節税のポイントを徹底解説

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法人の不動産売却でかかる税金は?計算方法と節税のポイントを徹底解説

法人で不動産を売却する際、最も分かりにくいのが「税金がどう計算されるのか」という点です。知らないまま進めると、思わぬ負担が発生することもあります。

本記事では、法人の不動産の売却で押さえておきたい税金の考え方を、はじめての方にも分かりやすく解説します。

 

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法人の不動産売却でかかる税金の基本

法人が不動産を売却すると、個人とは異なる税金の仕組みで課税されます。売却益に法人税がかかり、決算期によって税額が変わる点が特徴です。

この章では、法人の不動産での売却で発生する主要な税金と、個人との違いを整理していきます。

法人の不動産売却で発生する主な税金

法人が不動産を売却する際には、主に次の3つの税金が関わります。

  • 1. 法人税等(所得にかかる税金)
    不動産の売却益は、他の事業利益と合算されて「法人の所得」として課税されます。法人の所得に対して課される税金は、次の4つに区分されます。

    ⚫︎法人税

    ⚫︎地方法人税

    ⚫︎法人住民税

    ⚫︎法人事業税

    これらはまとめて課税されるため、最終的な税額は「実効税率(法人税等を合算した税率)」で判断します。
  • 2. 消費税(建物部分のみ)
    ⚫︎土地部分:非課税

    ⚫︎建物部分:課税
  • 3. 印紙税(売買契約書)
    売買契約書には、金額に応じた収入印紙を貼る必要があり、その分が印紙税となります。契約書への税金であり、売却益とは別に発生します。

 

個人の売却と異なるポイント(税率・計算方法など)

法人と個人では、不動産の売却に関わる税金の仕組みが異なります。特に注意すべき点は次のとおりです。

  • 【税率の考え方が違う】
    個人は「短期・長期」で税率が変わりますが、法人は保有期間に関係なく一定の税率が適用されます。
  • 【売却益の扱いが異なる】
    個人は不動産売却の利益だけで課税されますが、法人は売却益が通常の事業利益と合算され、法人全体の所得として課税されます。
  • 【消費税の課税範囲が違う】
    個人の居住用不動産は非課税ですが、法人が所有する建物は原則として課税対象になり、建物部分に消費税がかかります。

 

法人の不動産売却にかかる税金の計算方法

法人が不動産を売却する場合、税金は基本的に売却で得た利益に対してかかります。ただし、その利益は簿価や減価償却、経費などを踏まえて計算するため、個人より仕組みが複雑です。

この章では、法人の不動産売却における税金の計算の流れや経費として認められやすい費用、注意しておきたいポイントをわかりやすく整理します。

売却益の計算方法をわかりやすく解説

法人が不動産を売却したときの基本的な計算式は以下の通りです。

⚫︎売却益 = 売却価格 -(簿価+売却にかかった費用)

「簿価(帳簿価額)」とは、購入価格から減価償却によって価値が控除された後の残存価額を指します。

つまり、同じ物件を売却しても、

  • 簿価が低い → 売却益が大きくなる
  • 簿価が高い → 売却益が少なくなる

 

このように、減価償却の状況によって税額は大きく変わります。

【具体例】

  • 購入価格:3,000万円
  • 減価償却後の簿価:1,200万円
  • 売却価格:2,500万円
  • 売却にかかった費用:100万円

 

→ 売却益 = 2,500万円 −(1,200万円 + 100万円) = 1,200万円

この1,200万円が法人の所得に加算され、法人税の課税対象となります。

売却時に経費として計上できる費用

不動産の売却に伴う費用は、法人の場合「売却原価」または「販売費および一般管理費」として計上できることが多く、節税効果につながります。

ここでは経費として認められやすい代表的な費用を整理します。

仲介手数料・測量費・解体費・司法書士費用など

以下のような費用は、多くの場合、不動産の売却に直接関連する支出として経費計上が可能です。

  • 【不動産会社への仲介手数料】
    売却時に発生する最大の経費項目。成功報酬のため確定した金額で計上可能。
  • 【測量費用】
    境界確定や地積更正が必要な場合に発生する。売却に必要な業務として計上できる。
  • 【建物解体費用】
    古家付き土地を更地にして売却するケースなど、売却のために必要であれば経費に含められる。
  • 【司法書士報酬(抵当権抹消など)】
    売却に伴う登記手続きに必要な費用は原則として経費扱いになる。
  • 【退去費用(テナント退出のための立退料など】)
    賃貸中の不動産を売却するために必要な場合、経費にできる可能性が高い。

 

適切な費用計上により課税所得を調整でき、法人税の負担を抑えられます。

計算でミスが起きやすいポイント

法人の不動産の売却では、次の点を間違えると税額が大きく変わるため注意が必要です。

  • 【簿価の計算を誤る(減価償却の反映漏れ)】
    減価償却の反映漏れや耐用年数の誤りがあると、簿価がズレて売却益も誤算になりやすいため要確認。
  • 【経費として計上できる費用を見落とす】
    測量費・広告費・立退料・解体費などを計上し忘れると、売却益が本来より大きく計上されてしまう。
  • 【消費税の扱いを間違える】
    土地は非課税・建物は課税。課税売上割合によっては仕入税額控除や調整対象固定資産に該当する可能性もあるため慎重に判断する必要がある。
  • 【売却時期による税額変動】
    法人税は事業年度ごとに計算されるため、決算月に近い売却は税負担や資金繰りが大きく変わる可能性がある。

 

法人の不動産売却で税金を抑えるためのポイント

法人の不動産売却は、同じ価格で売っても、売る時期や会計処理の方法、利用できる特例によって税負担が大きく変わります。

この章では、実務で役立つ主要な節税ポイントをわかりやすく整理します。

決算月で税額が変わる|最適な売却タイミングについて

法人税は事業年度(決算期)ごとに計算されるため、売却のタイミングによって税額が大きく変わります。

特に注意したいポイントは以下のとおりです。

  • 利益が出ている年度に大きな売却益を計上すると、税負担が急増する
  • 赤字が残っている年度に売却すると、欠損金と相殺できる可能性がある
  • 決算直前に売却益が生じると資金繰りが悪化しやすい

 

また、売却益が大きいほど課税所得も増加するため、法人税の負担が重くなる傾向があります。そのため、売却前には必ず税理士と相談し、どの事業年度で売却益を計上するのが適切かを事前に検討しておくことが重要です。

土地と建物で異なる消費税の扱い

不動産売却における消費税は、法人の場合とくに重要なポイントになります。

基本的には土地は非課税、建物は課税ですが、法人の場合さらに次の点にも注意する必要があります。

【専門ポイント】

  • 建物の売却は課税売上になるため、課税売上割合が変わる可能性がある
  • 建物取得時の消費税を、仕入税額控除で還付できる場合がある
  • 建物の金額が大きい場合、消費税の調整計算が必要になることがある
  • 消費税の判断を誤ると、売却後に思わぬ追加納税が発生する可能性があるため、慎重な対応が求められます。

 

参照:No.6225 地代、家賃や権利金、敷金など

損益通算や繰越欠損金を使えるケース

法人は、事業年度内の利益と損失を相殺できる「損益通算」が可能です。

また、中小企業では事業の赤字(欠損金)を最大10年間繰り越せるため、 不動産売却益に対して繰越欠損金を充当して税負担を実質ゼロにできるケースもあります。

【活用できる主なケース】

  • 過去の赤字が残っている(繰越欠損金がある)
  • 売却年度に設備投資などの大きな経費が発生する
  • 売却年度に別事業で損失が出る予定がある

 

参照:No.2250 損益通算

参照②:繰越欠損金とは?利用条件や控除を受ける際のメリット

社長個人に売却する際の注意点(同族会社取引のリスク)

中小企業では、会社が保有する不動産を社長個人へ売却するケースがよくありますが、この取引には大きな税務リスクがあります。

【注意ポイント】

  • 社長へ相場より安く売却すると、税務署が時価で売却したとみなし、追加で課税される
  • 相場との差額が“社長への給与・賞与”とみなされ、会社の費用として認められず法人税が増える可能性がある
  • 社長個人にも所得税や贈与税が発生するケースがある

 

適切に処理すれば節税効果が生まれるケースもありますが、判断を誤ると会社・社長の双方に課税されるリスクがあるため、必ず専門家へ相談が必要です。

法人の不動産売却の流れと注意点

法人の不動産売却は、会計や税務の確認が多く複雑になりがちです。簿価や減価償却、書類や社内手続きでのミスが後々のトラブルにつながるため、正確な対応が欠かせません。

この章では、法人が売却を進める際の基本的な流れと、見落としやすい注意点を詳しく解説します。

売却前に必ず確認すべき財務・税務チェック項目

法人の不動産を売却する際は、売却活動を始める前に「会社の帳簿」と「実際の不動産の状態」が一致しているかを確認することが重要です。この点を間違えると、売却価格や税金の計算に誤差が生じる可能性があります。

簿価と減価償却の最新状況を確認する

簿価(帳簿価額)が正確でないと、売却益の計算が正しく行えず、法人税の過大申告や過少申告につながります。

チェックすべき主なポイント:

  • 建物の耐用年数は正しく適用されているか
  • 減価償却費の計上漏れや二重計上がないか
  • 付随設備(空調・エレベーターなど)の償却区分が正しいか
  • 以前の修繕で資本的支出と修繕費の区分を誤っていないか

 

未償却残高や特別償却の有無をチェック

法人の場合、建物や設備に対して特別償却や即時償却を適用しているケースがあります。

以下の項目を確認しましょう:

  • 特別償却の対象資産で減価率が通常と異なるものがないか
  • 以前の「即時償却制度」を利用していないか
  • 税務調整項目(加算・減算項目)に漏れがないか

 

固定資産台帳と実際の資産状況のズレを解消する

売却前に、固定資産台帳と実際の資産状況が一致しているか確認しておきましょう。特に古い不動産では、情報の更新漏れが発生しやすい点に注意が必要です。

  • 実際には取り壊した建物が台帳に残っている
  • 増築部分が登録されていない
  • 土地の区画変更が反映されていない
  • 土地の用途変更が台帳に記録されていない

 

これらのズレは税務調査で指摘されることが多いため、売却前に必ず整理しておく必要があります。

売却に必要な書類と手続きの流れ

法人が不動産を売却する際の基本的な流れは、以下の通りです。

【売却の一般的なステップ】

  • 【社内決裁(取締役会・株主総会など)】
    不動産売却に必要な会社としての正式な意思決定を行う
  • 【不動産会社へ査定依頼】
    物件の査定を不動産会社に依頼する
  • 【売却価格の決定】
    査定結果や簿価・税負担を踏まえて売却価格を決める
  • 【売却活動(広告・内覧対応など)】
    広告や内覧を通じて買い手を募集し、必要に応じてテナント対応を行う
  • 【売買契約の締結】
    買主と契約書を取り交わし、必要書類を提出して契約を成立させる
  • 【決済・引渡し】
    代金受領と所有権移転の手続きを行い、物件を引き渡す
  • 【法人税の申告・会計処理】
    売却益を計上し、必要な税務処理を行う

 

【法人売却で準備すべき主な書類】

  • 登記事項証明書
  • 固定資産台帳
  • 減価償却明細
  • テナント契約書(賃貸中の場合)
  • 決算書・勘定科目内訳明細書

 

中小企業が注意すべき税務トラブルの例

法人の不動産の売却では、以下のような税務面の問題が起きるケースがあります。

  • 売却益の計算誤りによる過少申告・追徴課税:減価償却の計算違いなどが原因となるケース
  • 社長個人への売却が役員賞与と認定されるリスク: 時価との差額が課税対象となる可能性がある
  • 消費税の処理誤りによる追加納税:調整対象固定資産に該当した場合の消費税の調整が問題となるケース
  • 土地と建物の按分比率の誤設定:建物価額の按分が不適切と判断されるケース

 

法人不動産売却に関するよくある質問(FAQ)

法人が不動産を売却する際に、特によく寄せられる質問をわかりやすくまとめて解説します。

法人の不動産売却で税金はいつ支払う?

法人税や消費税は、売却した事業年度の確定申告時にまとめて支払います。法人税は決算日から2か月以内に申告し、消費税も基本的に同じタイミングで申告します。

売却益が大きい場合は納税額も増えるため、資金繰りへの影響に注意が必要です。

特に決算直前の売却は、納税の準備期間が短くなるため、事前に納税額の試算を行うことが大切です。

赤字の法人でも税金は発生する?

赤字でも、状況によっては税金が発生する場合があります。

【税金が発生しないケース】

  • 過去の繰越欠損金(赤字)が売却益を上回る
  • 当期に大きな経費や損金が発生し売却益と相殺される

 

【税金が発生するケース】

  • 売却益が繰越欠損金を上回る場合
  • 欠損金の控除が税制上の上限に達している場合
    ※資本金1億円超など、控除できる所得の範囲が制限される法人
  • 赤字でも課される税金がある場合
    法人住民税の均等割など、所得と関係なく必ず発生する税金が残るケース
  • 建物部分の売却で消費税が発生する場合

 

建物だけ売却する場合の税金はどうなる?

建物のみを売却する場合は、法人税と消費税の課税対象になります。

建物の売却代金には消費税がかかり、売却で出た利益は法人税の対象となります。

また、土地は非課税で建物のみが課税対象となるため、売却時には土地と建物を適切な割合で按分する必要があります。この按分が不自然だと、税務調査で指摘されやすいため注意が必要です。

会社から社長個人へ売却するときの税務上の扱いは?

会社から社長個人へ不動産を売却する場合は、必ず市場価格で取引することが求められます。

相場より安く売ると、会社側では役員賞与として損金不算入となり、社長側でも所得税や贈与税の対象になるなど、双方に追加課税が発生する可能性があります。

さらに、建物は消費税の課税対象ですが、社長個人は仕入税額控除を使えないため注意が必要です。

まとめ|法人の不動産売却で損しないためにも必ず専門家に相談を

法人の不動産の売却は、簿価・減価償却・消費税・決算期などの確認すべき項目が多く、少しの判断ミスで税負担が大きく変わります。

特に税務処理や会計処理は複雑になりやすく、誤りがあると追加課税につながることもあります。

適切な手続きを行うためには、早い段階で専門家に相談することが大切です。

トヨオカ地建は、一般の方だけでなく法人からの不動産売却にも対応しており、必要に応じて専門家と連携した税務アドバイスを行っています。

八代市を中心に40年以上の実績を持ち、市場動向を熟知したスタッフが、査定から契約・引き渡しまで丁寧にサポートします。

不動産の売却をご検討されている法人様は、ぜひ一度ご相談ください。

 

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